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생명공학원은 창의적인 문화세계 창조를 통한 홍익인간 이념의 구현에 바탕을 두고 체계적인 전문교육을 통하여 건전하고 유능한 생명공학분야의 전문 인력을 양성에 그 목적을 두고 있다. 고도로 발전하고 있는 산업기술 및 정보화 사회 속에서 첨단 지식 및 기술을 습득하고 연구하여 생명공학의 학문적 발전을 도모하고 인류 복지 향상과 지역사회 발전에 기여하고자 한다. 1984년도에 유전공학과 학부과정이 신설되었고, 1988년에 석사과정이, 1991년에 박사과정이 개설되어 그동안 많은 인력이 배출되었다. 21세기 미래 학문으로 손꼽히고 있는 생명공학은 현대사회에서 생명공학이 차지하는 비중이 높아짐에 따라 유전공학전공을 주축으로 한 생명공학원을 분리하여 2000년도 1학기부터 독립적으로 운영하고 있다. 생명공학원은 교육부 과학기술분야 BK21플러스 참여대학교로 지정되어 21세기 생명공학 분야를 주도해 갈 인력 양성에 주력을 하고 있다. 2013년도부터는 유전공학, 식품생명공학, 한방신소재, 식물신소재, 식물생명공학의 5개 전공으로 구성되어 다양한 분야의 교수와 석, 박사과정 학생 및 박사 후 연구원 등으로 구성되어 있으며 앞으로 보다 많은 연구 분야의 교수를 유치하여 대학원의 교육 및 연구기능을 더욱 강화해 나갈 것이다.